A APQuímica é uma associação patronal de direito privado, sem fins lucrativos e de duração ilimitada, com três órgãos sociais - Assembleia Geral, Direção e Conselho Fiscal - e dois órgãos de natureza consultiva - Conselho Indústria e Universidade e Conselho Estratégico.
A Assembleia Geral é o órgão supremo da APQuímica e as suas deliberações, tomadas nos termos legais e regulamentares, obrigam os demais órgãos e todos os associados.
A Direção é o órgão social encarregado da representação e gestão da APQuímica. É constituída por um Presidente, um Vice-Presidente, um Tesoureiro e por vogais (cujo número poderá variar entre dois e oito), eleitos, em Assembleia Geral, por um período de 3 anos. Poderão ainda fazer parte da Direção, participando em todas as suas reuniões, representantes dos Órgãos Consultivos, os quais apenas poderão ter intervenção e direito de voto em matérias relacionadas com o Cluster.
A gestão corrente da APQuímica está a cargo de um Diretor Executivo, sendo o Cluster gerido por um Coordenador.
O Conselho Fiscal é o órgão de controlo e fiscalização da APQuímica, sendo composto por um Presidente e dois vogais.
O Conselho Indústria e Universidade (CIU), criado em 2009, é entendido enquanto uma plataforma de interface, promovendo a articulação entre o setor industrial e a área científica e tecnológica, e contribuindo para o aprofundamento da atividade da APQuímica e de todos os seus associados.
O Conselho Estratégico é um orgão consultivo criado no momento de fusão AIPQR/APEQ para acompanhar o desenvolvimento das atividades do Cluster, funcionando enquanto o seu orgão de monitorização e de planeamento e orientação estratégica.
